Помимо земноводных, в Гиссарском заповедном крае можно встретить великое многообразие птиц. Так, тут наблюдается больше половины всех видов птиц, какие только живут в Узбекистане. А это около трех сотен видов. Одиннадцать из них занесены в Красную Книгу и считаются очень редкими.

Более сорока процентов видов птиц, живущих здесь, гнездящиеся. Наибольшим разнообразием представлены ржанкообразные, воробьинообразные, а также хищные представители летающих. Как и многое другое, распределение птичьих угодий тут вертикально, по зонам. Так, в высокогорьях живут самые крупные хищные птицы, это великолепный снежный гриф, бородач, белоголовый сип и беркут, ворон, клушица, галка альпийская, снежный воробей, интересная птица с именем стенолаз и прочие.

Некоторые эти виды находятся на грани исчезновения.

Но некоторых здесь проживает намного больше, чем в других узбекистанских угодьях. Так, например, бородачей насчитывается около двадцати особей, а это достаточно хорошая цифра. Дело в том, что предельная плотность населения для бородачей – одна особь на целых сорок квадратных километров.

Белоголовые сипы встречаются немного чаще, также как и беркуты, и черные грифы.

В арчовниках живут совсем другие птицы, и здешние обитатели достаточно специфичны. Это гималайская пищуха, рыжешейная синица, дубонос, розовая чечевица и другие. Среди этих потиц достаточно часто встречаются жители фаун Гималаев и Китая.

Но, наверное, чаще всего можно увидеть здесь кеклика, он живет в высокогорной степи и на верхней границе арчовника. Численность этих птиц оценивается примерно в 5 тысяч особей.

Ну а что можно сказать про обитателей лиственных лесов, находящихся пониже? Здесь живут виды, которые вообще-то свойственны скорее западноевропейским раздольям. Это дубонос, вяхирь, китайская иволга и зеленушка, черный дрозд и прочие. А еще тут живет райская мухоловка, типичный индо-гималайский представитель.

Помимо птиц и земноводных, Гиссарский заповедник населяют и млекопитающие. Здесь наблюдается 32 вида млекопитающих и по видовому разнообразию это число больше, чем во всех других уголках Узбекистана. Из них четыре вида находятся на грани исчезновения: белокоготный медведь, среднеазиатская выдра, туркестанская рысь и снежный барс.

Млекопитающие, обитающие тут, относятся к пяти отрядам: рукокрылые, зайцеобразные, хищники, грызуны и парнокопытные. В этих  местах соединились жители сразу нескольких типов: индо-гималайские, азиатские, европейские и монгольские.

Особенно известен, конечно, снежный барс. Это один из основных объектов, подвергающихся самой сильной охране. Он живет на высокогорье, питается горными козлами или молодыми кабанами. Но может перекусить и уларом, сурком, кекликом.

В настоящие времена рост снежных барсов в Гиссарском заповеднике медленно повышается. Так, если двадцать пять лет назад тут жило всего пять особей, то сейчас речь идет о восьми-десяти барсах.