Ханство было основано в 1709, когда Шейбанид Шахрух II из узбекского племени минглар основал независимое владение в западной части Ферганской долины. Он построил крепость в небольшом городе Коканде, ставшем столицей ханства. Однако необходимо было обосновать право династии на власть, в связи с чем утверждалось происхождение династии от Тамерлана.

Пo местным преданиям, знаменитый султан Бабур , потомок Тамерлана, направлялся из Самарканда в Индию через Фергану, где одна из жен его разрешилась мальчиком по дороге между Ходжентом и Канибадамом; ребенка, прозванного Алтун-башиком († в 1545), приютил кочевавший там узбекский род Минг (откуда и название династии), когда же выяснилось его происхождение, Алтун-башик провозглашен был бием и поселился в Асхы. Звание бия стало наследственным в его потомстве. Один из потомков Алтун-башика, Абду-Раим, поселился в кишлаке Дикан-Тода, но впоследствии главным местом его пребывания сделался город Коканд, который он основал около 1732 г. и который первоначально назывался Иски-Курган или Кала-и-Раим-бай (по имени основателя своего). Абду-Раим, пользуясь междуцарствием в Бухаре, предпринял поход на это ханство, занял будто бы Самарканд, Катты-Курган, добирался и до Шахри-сябза, но ограничился лишь тем, что заключил мир с тамошним правителем и женился на его племяннице, после чего вернулся в Ходжент, где и был убит своими приближенными (около 1740 г.). Между тем персидский шах Надир в 1740 г. занял Бухару и изгнал кокандцев из Самарканда. Брат и преемник Абду-Раима, Абду-Керим-бий, окончательно поселился в Иски-Кургане, который с этого только времени (1740) получает название Коканда(На самом же деле Коканд — город, несравненно более древний. Арабские путешественники Х в., Истахри и Иби-Хаукаль, упоминают о городе Ховакенде или Хоканде, который по расстоянию от Шашской реки (Сырдарья) и от Асхы соответствует нынешнему Коканду; надо поэтому думать, что в XVIII в. вся деятельность «основателей» этого города заключалась в устройстве урды (дворец) и возведении городских стен.).
Абд аль-Карим, и Нарбута Бег расширили владение. Однако, и Абд аль-Карим и Нарбута были вынуждены платить дань Китаю в 1774—1798 (это является основанием для периодических китайских территориальных претензий к государствам Центральной Азии).
Сын Нарбута Бега, Алим используя таджикских горцев завоевал западную половину Ферганской долины, включая Ходжент (Ленинабад) и Шаш (включая Ташкент). Он был убит братом Омаром в 1809. Сын Омара, Мохаммед Али (Мадали-Хан) поднялся на трон в 1821, в возрасте 12 лет. Во время его правления ханство занимало наибольшую площадь. Ханство подчинило себе племена Северной Киргизии и Южного Казахстана. Для обеспечения контроля за этими землями в 1825 были основаны крепости Пишпек и Токмак.
В 1842 бухарский эмир Насрулла напал на Кокандское ханство. В эти же годы в ханстве активизируется борьба за со стороны племянника Мадали-Хана — Шир-Али, переросшая в гражданскую войну и этнические конфликты. В 1845—1858 (а также в 1865, после периода подчинения Коканда Бухарскому эмиру) во главе ханства стоял сын Шир-Али — Худаяр.
С 1855 киргизские и казахские племена подчинённые ханству, стали переходить в российское поддданство, не в силах терпеть произвол и беззаконие кокандских наместников. Это привело к вооружённым конфликтам ханства с российскими войсками. В 1866 Ташкент был занят войсками Российской империи, в следующем году — Ходжент. В это же время Якуб Бег, бывший правитель Ташкента, бежит в Кашгар, ставший на время независимым от Китая.
Коммерческое соглашение с Россией 1868 года фактически сделало Коканд зависимым от неё государством. Недовольство населения внутренней политикой Худаяра привело к восстанию(1873—1876). Восстанием руководил самозванец Пулад-Хан, выдававший себя за законного наследника престола. Первоначально восставшие надеялись на помощь России, но российские власти не решились помогать восставшим. Поэтому захватив власть в 1875 Пулад-Хан начал проводить антироссийскую политику, и тогда Россия под предлогом защиты законного хана ввела войска, что привело к штурму Коканда войсками под руководством генералов Кауфмана и Скобелева в марте 1876. Пулад-хан был пойман и казнён, а ханство было ликвидировано. Земли Кокандского ханства вошли в Ферганскую область российского Туркестана.

Читайте также: Учимся двигаться по-узбекски